آیت الله شیخ محمد نهاوندی در سال 1253 ش در نجف اشرف و در خانواده ای روحانی دیده به جهان گشود. فرزند میرزا عبدالرحیم، فرزند خلف میرزا نجف مستوفی از عالمان و مفسران و مدرسان آستان قدس رضوی است که او را زین العلماء و المفسرین نامیده اند. چهار ساله بود که به همراهخ پدر به قصد زیارت حضرت رضا علیه السلام به مشهد رفت. پس از بازگشت به تهران در این شهر ساکن شد. پس از وفات پدر، فقه اصول و فلسفه را نزد علمای تهران و برادر خود به پایان برد و با اشتباق تمام به ادامه تحصیل همت کماشت.